De evaluatie gebeurt aan de hand van wetenschappelijke studies die werden uitgevoerd volgens specifieke voorschriften en methodes om de resultaten onderling te kunnen vergelijken. Deze methode garandeert degelijke en betrouwbare studies. Deze studies worden uitgevoerd door laboratoria die hiervoor geaccrediteerd werden en regelmatig geauditeerd worden. Vanaf 27 maart 2021 werd het bovendien mogelijk dat de Europese overheid zelf studies kan laten uitvoeren om de resultaten te controleren.

De Europese wetgeving schrijft voor welke effecten moeten worden onderzocht op welke organismen, volgens welke methodologieën en wat de normen (de maximaal toegelaten effecten) zijn. Deze wetgeving is een compromis tussen wat haalbaar is en wat wenselijk zou zijn. Om alle mogelijke risico's uit te sluiten, zouden -  wetenschappelijk gezien - alle mogelijke effecten op alle mogelijke organismen onderzocht moeten worden, maar dat is niet realistisch. Het zou een onbeperkte inzet aan middelen en tijd vergen en dus elke toelating van eender welk middel onmogelijk maken. De wetgeving legt de evaluatie op voor een beperkt aantal organismen, waaruit  de risico's voor  andere organismen worden afgeleid. Studies op mensen worden niet gevraagd noch aanvaard, maar om het effect op mensen te beoordelen wordt gesteund op studies met zoogdieren. Tegelijkertijd moeten studies op gewervelde dieren zoveel mogelijk worden vermeden.

Tijdens de toelatingsprocedure verifiëren wij of het product voldoet aan de wetgeving. De aanvragen tot toelating moeten de gegevens bevatten die voorgeschreven zijn door deze wetgeving. Zolang het product voldoet aan de wetgeving kan er niet worden opgetreden. De toelatingshouder (de bedrijven die aanvragen indienen) heeft hierdoor de nodige rechtszekerheid voor investeringen in het uitvoeren van studies, het bouwen van productiefaciliteiten en het opzetten van een logistieke keten. In uitzonderlijke gevallen, bijvoorbeeld bij twijfel over bepaalde effecten, kan bijkomende informatie worden gevraagd aan de aanvrager.

Wij evalueren elk gewasbeschermingsmiddel apart, en dus niet het gecombineerde effect van verschillende gewasbeschermingsmiddelen samen. Door de grote aantallen mogelijke combinaties zou het onmogelijk zijn alle mogelijke effecten te evalueren. Bovendien bestaan hiervoor nog geen wetenschappelijk gevalideerde methodes, behalve voor een beperkt aantal specifieke combinaties. 

In deze evaluatie wordt ook het effect van het uitzaaien van behandelde zaaizaden geëvalueerd. De gewasbeschermingsmiddelen waarmee de zaden worden beschermd tegen insecten of schimmels komen immers ook in het leefmilieu terecht en kunnen daar negatieve effecten uitoefenen.

Voor elk toegelaten middel worden specifieke beschermingsmaatregelen vastgelegd. Die maatregelen moeten worden overgenomen op het etiket van het verhandelde middel.